Os casos de cancelamento de nota fiscal ocorrem por diversas situações, como por exemplo: desistência da transação, cancelamento da venda, erro nas informações ou calculo incorreto dos impostos.
Para dar inicio e necessário primeiramente se atentar a algumas regras que devem ser verificadas conforme seu estado pelo prazo estabelecido pela Secretaria da Fazenda do seu Estado.

Abaixo alguns exemplos:

Paraná
NFC-e só poderá ser cancelada em até 30 minutos da emissão.
NF-e pode ser cancelada em até 168 horas ou 7 dias do horário da emissão,
desde que não tenha sido emitido conhecimento de transporte ( CT-e e MDF-e), ou ja tenha sido realizado a confirmação da operação pelo destinatário.

Rio de Janeiro
NFC-e só poderá ser cancelada em até 30 minutos da emissão.
NF-e pode ser cancelada em até 24 horas do horário da emissão,
desde que não tenha sido emitido conhecimento de transporte ( CT-e e MDF-e), ou ja tenha sido realizado a confirmação da operação pelo destinatário.

Rio Grande do Sul
NFC-e só poderá ser cancelada em até 30 minutos da emissão.
NF-e pode ser cancelada em até 24 horas do horário da emissão,
desde que não tenha sido emitido conhecimento de transporte ( CT-e e MDF-e), ou ja tenha sido realizado a confirmação da operação pelo destinatário.

Se a nota estiver dentro das regras e cancelamento de seu estado, o cancelamento de documentos fiscais de NFC-e e NF-e podem ser realizados na pendencia de venda, caso a venda ainda não esteja finalizada, pela Manutenção de movimento ou pelo menu NF-e quando já estiver finalizada ou for uma nota avulsa.
Acesse a pendencia de venda ou o movimento, preencha o campo Motivo do cancelamento e clique em Cancelar NF-e.

Caso a nota ja tenha passado do prazo estabelecido para cancelamento deverá realizar a devolução conforme o post Devolução de Cliente