Você pode utilizar as opções em Movimentos –> Outras Entradas e Outras Saídas para fazer ajustes de estoque. Mas em casos de contagem de estoque e ajuste de vários itens em lote pode ser mais eficiente utilizar a opção de Ajuste de Estoque no menu movimentos.
Assista o vídeo a seguir com o passo a passo do procedimento de Ajuste de Estoque no Ctrl-E
Ajuste de Estoque por importação de arquivo
Caso você possua uma coletora de dados ou planilha com os códigos de produtos e suas quantidades em estoque, você pode importar esse arquivo para que o sistema faça os ajustes em lote para você. Segue abaixo um exemplo de como zerar o estoque em lote de vários produtos:
Em resumo: para zerar o estoque ou importar em lote via arquivo CSV as quantidades, para contagens de estoque manuais ou com coletoras de dados: acesse no Ctrle a opção: Movimentos –> Ajuste de Estoque e clique em adicionar conforme indicado abaixo em vermelho:
Na tela apresentada clique no ícone de importar para que seja disponibilizado a opção de upload de arquivo e também o modelo de layout necessário para que o sistema consiga importar os dados:

Observe o limite de linhas que o arquivo pode ter. Esse limite é mostrado na tela de ajuste de estoque:

Após importar o arquivo confira os dados apresentados em tela e estando ok finalize para efetivar o ajuste. Você pode conferir o movimento gerado em relatórios –> Resmov.
Erro ao Importar Arquivo de Contagem de Estoque
Caso o sistema mostre o seguinte erro ao importar um arquivo .csv com as suas contagens de estoque:

Significa que existe algum caractere inválido no arquivo. Exemplo:

O arquivo deve ser aberto sem caracteres especiais na seguinte opção:

Ao salvar seu arquivo no Excel utilize a seguinte opção:
